U vanjsku građu reproduktivnog sustava muškarca spadaju penis, mošnje (skrotum) i sjemenik (testis). U unutarnju građu spadaju sjemenovodi, uretra, prostata i sjemenski mjehurići. Nenormalnosti penisa, prostate i sjemenika (testisa) mogu dovesti do psiholoških i fizičkih smetnji. Penis može biti ozlijeđen, upaljen ili inficiran―uključujući spolno prenosive bolesti. Na penisu se mogu razviti i stanice raka kože. Porođajne mane mogu uzrokovati poteškoće pri mokrenju i pri spolnom odnosu. Najčešći poremećaj koji zahvaća prostatu je benigna hiperplazija prostate koja otežava mokrenje. Drugi poremećaji uključuju prostatitis i rak prostate―jedna od najčešćih vrsta raka. Rak se može razviti i u sjemenicima ugrožavajući plodnost i, ako se neliječi može dovesti do smrti. Drugi poremećaji koji zahvaćaju sjemenike uključuju zavrtanje sjemenika i preponsku herniju.